Hoofdstuk 1: herstellingswerken in de Kloosterstraat

Het verhaal begint met hoe de verteller, die later Freek Groenevelt blijkt te heten, zichzelf introduceert en vertelt over de aanleiding van het schrijven van het boek. Zijn leven was heel overzichtelijk, totdat Joachim Stiller in zijn leven kwam. Deze figuur heeft zijn leven ontwricht en daar wil hij de lezer nu over vertellen. Hij is stadsredacteur bij de krant 'De Schedelbode' waar hij de dagelijkse rubriek genaamd 'Meditaties van een baliekluiver' heeft. Als hij op een ochtend in een café zit, ziet hij hoe vier arbeiders de straat openbreken en daarmee al het verkeer ophouden. Er wordt verwacht dat ze gaan graven, maar in plaats daarvan leggen ze na een pauze de stenen gewoon weer terug. Freek besluit om hier een stukje over te schrijven.

Hoofdstuk 2: Het tijdschrift 'Atomium

Freeks vriend Andreas komt langs op zijn kantoor om hem te laten zien hoe een aantal jonge schrijvers Freek belachelijk maken in een nieuw, revolutionair tijdschrift. Andreas vindt dat Freek hier tegenin moet gaan en ze de mond moet snoeren, maar Freek is gewend aan kritiek, waardoor het hem weinig doet.

Hoofdstuk 3: Een wethouder in zak en as

De redactie van de Schedelbode ontvangt een aantal dagen na het voorval een brief van de wethouder van openbare werken waarin staat dat de straat helemaal niet opengebroken is geweest. Freek gaat naar de wethouder toe om te vragen hoe dit te verklaren is. Wethouder Keldermans vertelt hem dat ze wel wisten dat de straat is opengebroken, maar dat dit niet door zijn mensen is gedaan. Daar voegt hij aan toe dat het niet de eerste keer was dat dit gebeurde. Freek, inmiddels verveeld door de hele zaak, zegt de wethouder dat ze het kunnen laten voor wat het is.

Hoofdstuk 4: De brief van Joachim Stiller

Een dag na het gesprek met Keldermans, krijgt Freek een brief. Hierin staat dat Freek op 14 juli 1957 een stukje zal schrijven over het openbreken van de Kloosterstraat. Freek wordt bedankt voor de aandacht die hij aan dit onbelangrijk lijkende voorval heeft geschonken. Verder wordt er aangekondigd dat er nog meer vreemde, onverklaarbare gebeurtenissen zullen plaatsvinden, maar dat hij niet moet twijfelen aan wat hij ziet of hoort. De brief is ondertekend door de onbekende naam Joachim Stiller. Het vreemdste aan de brief is nog dat er een poststempel op zit uit het jaar 1919, op dat moment veertig jaar geleden en nog vóór Freeks geboorte. Freek twijfelt er niet over dat dit een of andere grap moet zijn.

Hoofdstuk 5: Kennismaking met Simone Marijnissen

's Avonds besluit Freek om het redactieadres van Atomium te bezoeken wat Andreas aan hem had gegeven. Daar ontmoet hij de aantrekkelijke redactiesecretaresse Simone Marijnissen, die op het adres woont. Het blijkt dat zij ook een brief van Stiller heeft gehad waarin staat dat ze Groenevelt niet in de weg moet staan, omdat hem een belangrijke opdracht te wachten staat. Freek is ontzettend beledigd wanneer hij erachter komt dat mensen van de redactie denken dat hij Joachim Stiller is en verlaat het huis weer.

Hoofdstuk 6: Wiebrand Zijlstra, de ondernemende

Freek beschrijft hoe dit de meest verwarrende periode van zijn leven was. Een van de vreemde gebeurtenissen die hem overkomt, gebeurt wanneer hij zijn oude schoolvriend Wiebrand Zijlstra tegenkomt. Hij laat hem graffiti van obscene figuurtjes zien. Freek ziet dan hoe er uit een urinoir een schamel gekleed mannetje tevoorschijn komt. Zijlstra gaat zo snel als hij kan achter dit mannetje aan. Een gevoel van weerzin bekruipt Freek.

Hoofdstuk 7: het antiquariaat van Geert Molijn

Freek wil naar huis gaan, maar het begint net te regenen. Hij besluit om in de boekwinkel van zijn vriend Geert Molijn te schuilen. Een oud boek trekt daar zijn aandacht en Freek besluit het mee naar huis te nemen. Eenmaal thuis blijkt het een analyse van de openbaring van Johannes te zijn. Het voornaamste kenmerk wat in de analyse naar voren komt is dat de tijd plotseling stil zou kunnen staan. Freek wil graag meer over de schrijver van dit boek weten.

Hoofdstuk 8: Een nachtje uit

Freek wil eigenlijk gaan slapen, maar dan staan ineens Andreas, Freeks uitgever Dirk Boersma en zijn vrouw Eveline voor de deur met de vraag of hij mee gaat stappen. Hij besluit mee te gaan. Daar ziet hij opnieuw Simone Marijnissen, maar ze is met haar verloofde. Subtiel vraagt zij Freek of hij haar ten dans kan vragen, zodat zij hem een nieuwe brief van Stiller kan laten zien. Simone komt erg nerveus over, wat blijkt te komen door de inhoud van de brief. Hierin staat dat Stiller blij is dat de twee 'uiverkorenen' elkaar gevonden hebben. Freek gaat aan het einde van de avond eenzaam en dronken naar huis. 

Hoofdstuk 9: Een bezoek aan de leeszaal

Freek neemt het boek wat hij van Geert Molijn had geleend mee naar een vriend van hem die bibliothecaris is. Deze vertelt hem dat het boek een 16de eeuws apocalyptisch werk is van de schrijver Joachim Stiller, die meester theologie was in Ausburg. Het enige wat de bibliothecaris verder over Stiller weet, is dat hij Joods was. Er komt een heftig gevoel van angst over Freek heen. Het gevoel herinnert hem aan de angst die hij voelde toen er aan het eind van de oorlog een tram die hij had gemist werd opgeblazen door een bom. Als Freek de brieven aan de man laat zien, merkt hij op dat Stillers handschrift eruit ziet alsof hij geen persoonlijkheid heeft en een soort schim is.

Hoofdstuk 10: Telefoongesprek voor zonsopgang

Freek is terwijl hij naar huis loopt nog erg onder de indruk wat zijn reactie op het feit dat het boek door een 'Joachim Stiller' geschreven zou zijn. Simone staat hem op te wachten bij zijn huis. Ze vertelt verdrietig dat ze het heeft uitgemaakt met haar verloofde van Atomium. Ook deelt ze dat zij erg in shock is, omdat zij vanmorgen door Joachim Stiller gebeld werd. Ze kan zich weinig meer van het gesprek herinneren, omdat zij zo in shock was. Wel weet zij nog dat hij haar vertelde dat ze Freek de avond van het uitgaan niet alleen had moeten laten. Freek voelt zich hierdoor op een vreemde, weemoedige manier ontroerd.

Hoofdstuk 11: Professor Schoenmakers

Die middag nog gaan Freek en Simone naar het Laboratorium van Oudheidkundig Onderzoek in Brussel, om daar de brieven te laten onderzoeken. Professor Schoenmakers is bereid ze te helpen en laat de eerste brief meteen onderzoeken: deze blijkt 38 jaar oud te zijn. Een grafoloog onderzoekt ook het handschrift en concludeert dat de schrijver een ongelooflijk sterke en evenwichtige persoonlijkheid moet hebben (gehad). Freek en Simone beginnen zich te beseffen dat er hier iets gaande is wat onverklaarbaar is en waar ze geen grip op hebben.    

Hoofdstuk 12: Het concert

Freek beschrijft dat hij zich nu hij het verhaal opschrijft realiseert dat de liefde die tussen hem en Simone is opgebloeid een sterk verband hebben met de gebeurtenissen rondom Joachim Stiller. Zonder deze figuur hadden ze elkaar waarschijnlijk nooit gevonden. Die nacht blijft Simone bij Freek slapen en worden zij beide gewekt door een beiaard die muziek maakt in de kathedraaltoren vlakbij. Het lijkt erop alsof er alleen voor hen wordt gespeeld, want er is geen buurtbewoner die er iets van lijkt te merken. Ze willen bijhouden hoe lang het duurt, maar dit kan niet: Freeks horloge staat stil. Na het concert begint het horloge pas weer te lopen. Freek wordt vervolgens gebeld door Stiller die meedeelt dat hij hun vertrouwen heeft en dat hij ze moed in wil spreken. 

Hoofdstuk 13: De cocktailparty

Alles lijkt de volgende ochtend weer normaal te zijn. Freek en Simone zijn erg verliefd. Ze gaan samen naar ene persconferentie van Zijlstra ter ere van zijn ontdekking: Siegfried het graffitischildertje. Freek geeft aan dat hij het afkeurt hoe de kunstenaar door Zijlstra geëxploiteerd wordt. Opeens valt Siegfried zijn beschermer aan met een pistool en vlucht het dak op. Echter, hij valt van het dak op de grond. Tegen Freek, die snel bij hem is, zegt hij met een vage glimlach van herkenning zijn laatste woorden: 'Stiller...Zeg aan Sti...'

Hoofdstuk 14: De hypothesebouwers

Simone en Freek, die inmiddels overrompeld zijn door angst, gaan in gesprek met Geert Molijn. Hij weet namelijk veel over verschijnselen die tot hallucinatie kunnen leiden. Ze discussiëren over wat de oorzaak van deze vreemde gebeurtenissen zou kunnen zijn. Molijn denkt dat er sprake is van een verschijnsel genaamd 'Jungs synchronisme', Freek denkt dat er bovennatuurlijke krachten aan het werk zijn. Molijn stelt uitiendelijk voor om Joachim Stiller te beschouwen als een nog onverklaarbaar natuurverschijnsel.

Hoofdstuk 15: De mare

Freek hoort mensen praten over het einde van de wereld, wanneer hij pijptabak gaat kopen. Een vreemde man komt hem tegemoet en zegt dat hij een engel is. De engel klampt zich aan Freek vast en zegt dat de dood kan komen als een dief in de nacht. Die nacht is er rond half twaalf een zonsverduistering. Er wordt op de redactie gesproken over hoe dit al eeuwen wordt geassocieerd met het einde van de wereld. Als Freek naar een terras gaat om de zonsverduistering verder te aanschouwen, komt Keldermans bij hem zitten. Ze komen erachter dat hij de derde persoon is die 's nachts het concert van de beiaard hoorde.

Hoofdstuk 16: De harlekijn in het zwart

Simone en Freek zijn gelukkig en er lijkt een rustige periode voor hen te zijn aangebroken. Simone is inmiddels bij hem ingetrokken. Echter, de rust is snel weer ten einde wanneer Freek plotseling een affiche vindt met de naam 'Stiller' erop. Meteen voelt hij zich weer angstig, maar Simone troost hem met de gedachte dat Stiller zeker geen vijand is. Ze besluiten om naar het circus te gaan wat op het affiche staat. Daar zien ze een act waarbij een zwarte harlekijn wordt verpletterd door het optreden van twee Augusten. Freek is erg geraakt door het hele gebeuren, ook omdat hij de engel die hij eerder zag in de zwarte harlekijn herkent. Hij vraagt zich af of deze engel de engel des doods is.

Hoofdstuk 17: Sterrenbeelden en chemino-analyse

Freek stort na de voorstelling helemaal in. Toch wil hij nog uitzoeken wat de hemellichamen in het Apocalyptische boek betekenen en gaat hiervoor naar een astroloog. De astroloog vertelt hem dat Stiller in het boek voorspeld dat dat jaar de wereld zal vergaan. Wanneer Freek dit hoort raakt hij nog verder overspannen dan hij al was, en gaat daarom naar een psychiater. Wanneer hij een middeltje krijgt wat zijn geheugen prikkelt, herinnert hij zich weer helder het ongeluk met de tram wat hij heeft zien gebeuren. Het ongeluk wat een zelfde doodsangst in hem naar boven brengt als de gebeurtenissen nu. Freek had een detail van dit ongeval verdrongen, namelijk dat de majoor die hij aan zijn voeten heeft zien sterven Joachim Stiller heette. Deze Stiller zit al jaren in hem, terwijl hij de naam eigenlijk had verdrongen. Desondanks is Freek nog steeds erg bang voor de Stiller waar hij nu mee te maken heeft.

Hoofstuk 18: Het verkeersongeval

Simone vertelt Freek het heugelijke nieuws dat ze zwanger is. Freek, die onderweg naar huis een brief heeft meegenomen die op de redactie voor hem klaar lag, leest samen met Simone de brief. Er staat dat Joachim Stiller hem 's avonds om half negen wil ontmoeten op het stationsplein. Ze gaan er samen heen en nemen Geert Molijn met zich mee. Eenmaal daar treffen ze Keldermans aan, die dezelfde brief heeft geschreven. Hij is erg bang en zegt zich bedreigd te voelen, maar Freek heeft daar op dit punt geen last meer van. Om precies half negen ziet Freek een blonde man uit het station komen. Hij ziet eruit als een engel en Freek realiseert zich meteen dat de man een vriend is en geen vijand. Freek herkent hem meteen, ook al is het in de praktijk een vreemde. Dit is dezelfde persoon die Freek aan zijn voeten heeft zien sterven bij het ongeval met de tram. De hele gebeurtenis voelt voor Freek als een lang verbeide verlossing; hij heeft misschien wel zijn hele leven op deze vreemdeling gewacht, zonder dat hij er weet van had. Als de man dichtbij is roept hij: 'Ik ben Joachim Stiller!' maar nog voor hij bij de groep aankomt wordt hij overreden door een legervrachtwagen. Freek is hier ontzettend door van slag, maar realiseert zich al gauw dat Joachim Stiller niet van deze wereld was en alleen langskwam om een nieuwe betekenis aan Freeks leven te geven.

Hoofdstuk 19: De derde dag

Freek, Simone, Geert en Keldermans blijven tot middernacht op het politiebureau. Ze proberen te helpen bij het oplossen van de zaak, maar dit is vrijwel onmogelijk gezien ze nog steeds niet weten wie Joachim Stiller was en wat hij kwam doen. Freek en Simone zijn erg verdrietig over het verlies van Stiller, omdat ze zich realiseren dat hij een groter bestanddeel van hun leven was geworden dan ze van tevoren ooit hadden kunnen verzinnen. Ze besluiten drie dagen na het ongeluk om samen met Keldermans afscheid van Stiller te gaan nemen in het stedelijk dodenhuis waar de restanten van de man heen zijn gebracht. Als ze daar aankomen blijken deze laatste restantdelen van Stiller op onverklaarbare wijze te zijn verdwenen. Weer buiten realiseren ze zich intuïtief dat ze met alle vertrouwen verder kunnen leven en dat de vervelende gebeurtenissen nu ten einde zijn.